球隊為了當時新一屆的聯賽招募新人，分別被編往U-17及HKCM，部份更成為現在球隊的主力球員。當年的U-17及HKCM更於同一組聯賽比賽，出現了HKCM打比的有趣場面。最後，HKCM排名第4、U-17排名第6。

由於當時兩隊的分配上有著一定程度上困難，加上教練離去，而基於人腳繼續因各種原因流失，U-17與HKCM於完結球季後合併。並於當時實行雙領隊制。HKCM於該球季得一席第四，足總杯亦殺入八強。HKCM成為該球季A組最受歡迎球隊，而梁玉麟先生亦得到了最佳守門員。

到了2004-2005一季，球隊轉戰至更具挑戰性的週中聯賽，被編往甲組。更為了顧全各球員的出場機會，於週末安排多一個聯賽，以增加及增強後備球員的出場機會及能力。該球季球隊於新主場的威力下，聯賽成績五場攻入24球而只失4球。令球隊得一席第五，及於挑戰杯得到季軍。梁英傑先生更於該季以十球之差得到神射手獎項。

將來，球隊希望繼續以紀律、態度為方針，建立更全面、有球品、態度良好的一隊。